Pada tahun 1980-an, SMA Xaverius 1 mengalami perkembangan peminat yang melebihi daya tampung sekolah. Besarnya animo masyarakat terhadap pendidikan Xaverius ditanggapi positif oleh Pimpinan SMA Xaverius 1. Pada tahun pelajaran 1985/1986, Bapak  Drs. T.Soedadi selaku Kepala SMA  Xaverius 1 memutuskan untuk membuka kelas pada sore hari khusus untuk kelas 1 sebanyak 5 kelas dan tahun pelajaran 1986/1987 sebanyak 3 kelas.

Di bawah kepemimpinan Bapak A.K. Kinardi, B.Sc. pada tahun 1987/1988, kelas sore ditiadakan dengan alasan adanya konsep pemerintah tentang sekolah TIPOLOGI A dengan jumlah kelas maksimal 27 kelas. Penghapusan kelas sore bukan berarti pimpinan SMA Xaverius 1 tidak respon terhadap animo masyarakat. Pada bulan April 1989 diadakan rapat pimpinan dan salah satu keputusannya adalah :
“Siswa-siswi yang berminat belajar di SMA Xaverius 1 tetap diberi kesempatan pada kegiatan belajar sore hari dengan catatan sampai dengan kelas 3”

Pada tahun pelajaran 1989/1990 dengan seijin Yayasan Xaverius Pusat, kelas sore SMA Xaverius 1 (SMA Xaverius Filial) dibuka dengan jumlah 212 siswa terbagi dalam 5 kelas. Supaya efektif dalam pengelolaannya diangkatlah Bapak Drs. I. Sukendro selaku Koordinator dan Bapak Drs. Petrus Sugiharjono selaku wakil Koordinator bidang kesiswaan. Secara administrasi SMA Xaverius 1 Filial berdiri sendiri walaupun tetap merupakan bagian integral dari SMA Xaverius 1. Hal ini dilaksanakan dalam rangka mempersiapkan sekolah yang benar-benar mandiri tidak terikat dengan sekolah lain.

Rencana pemisahan seyogyanya akan dilaksanakan pada tahun pelajaran 1994/1995, tetapi karena segala sesuatu sudah siap dan berjalan baik, maka pemisahan diajukan pada tahun pelajaran 1993/1994, dengan mengacu pada surat keputusan Kepala Kantor Wilayah Depdikbud Propinsi Sumatera Selatan, tanggal 7 Januari 1993, Nomor 362/I.11/F/1993 tentang persetujuan kepada Yayasan Xaverius Pusat Palembang untuk mendirikan SMA Xaverius 4 Palembang. Pada tanggal yang sama juga keluar surat Kabid. Dikmenum Depdikbud Sumatera Selatan No.12077/I.11/I/1993, tentang perindukan SMA Xaverius 4 ke SMA Xaverius 1 Palembang. Tahun pelajaran 1993/1994 secara yuridis formal SMA Xaverius 4 berdiri dengan menerima siswa kelas 1 dan tetap mengelola SMA Xaverius 1 Filial (kelas 2 & 3).
Adapun yang menjadi pimpinan pertama SMA Xaverius 4 adalah :

Setengah tahun kemudian tepatnya tanggal 20 Januari 1994 SMA Xaverius 4 diresmikan oleh Bapak Drs. Y. Samodra Nugraha selaku Ketua Yayasan Xaverius Pusat Palembang.

Dari tahun ke tahun SMA Xaverius 4 terus mengalami perkembangan dengan meningkatnya jumlah siswa yang masuk; ini berarti masyarakat Palembang dan sekitar menaruh perhatian terhadap pendidikan yang diselenggarakan oleh Yayasan Xaverius.

Pada tahun pelajaran 1995/1996 seluruh siswa-siswi SMA Xaverius 4 benar-benar siswa SMA Xaverius 4 dan pada saat itu pula SMA Xaverius 4 mempunyai alumni yang pertama. Pada tahun pelajaran 1996/1997 sekolah memprogramkan sebagai peserta akreditasi. Pada tanggal 4 November 1996 sekolah diakreditasi oleh instansi terkait. Tanggal 6 Maret 1997 melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah No.16/C.C7/Kep/MN/97, SMA Xaverius 4 “Tercatat” berubah menjadi SMA Xaverius 4 “Diakui” dengan jumlah nilai 84. Sedangkan untuk status “Disamakan” diperlukan jumlah nilai 84,5. Inilah prestasi yang patut kita syukuri dan terus kita kembangkan sehingga nanti pada saatnya sekolah sampai pada jenjang yang “Disamakan”.

SMA Xaverius 4 bersama SMA Xaverius lain, terus membenahi diri dengan mempersiapkan segala sarana dan prasarana yang menunjang. Hingga saat ini SMA Xaverius 4 memiliki sarana Gedung Sekolah, Perpustakaan, Laboratorium (Fisika, Kimia, Biologi), Komputer dan Lapangan Olah Raga. Untuk meningkatkan kreativitas siswa, sekolah juga mengadakan berbagai kegiatan yang tergabung dalam kegiatan ekstrakurikuler seperti : kepramukaan, jurnalistik (majalah sekolah), mengetik, menari, koperasi, baris-berbaris dan olah raga (sepak bola, volley ball, basket ball). Kecuali itu dalam membekali siswa di bidang organisasi, sekolah terus menghidupkan dan mengembangkan OSIS/PPSK dengan berbagai macam kegiatan. Kegiatan kepramukaan merupakan kegiatan wajib bagi siswa-siswi kelas 1, hal ini mempunyai tujuan untuk melatih para siswa untuk belajar mandiri dalam segala hal.

Pada tahun 1998/1999, masa kepemimpinan Bapak Drs. I. Sukendro berakhir, digantikan oleh Bapak Drs. A. Eduard Bastomi dibantu Bapak Drs. Ign. Winarno sebagai Waka Kurikulum dan Bapak Drs. B. Wilarno sebagai Waka kesiswaan.

Dalam perkembangan berikutnya terjadi perubahan staf pimpinan. Tahun 2001 masa tugas Bapak Drs. Ign. Winarno sebagai Waka Kurikulum berakhir dan digantikan oleh Bapak Y. Subardan, S.Pd. dan bersamaan dengan itu diangkatlah Bapak Ign. Sujindro, B.A. sebagai Waka Sarana Prasarana.

Tahun pelajaran 2002/2003 terjadi perubahan kembali, Bapak Drs. A. Eduard Bastomi digantikan oleh Bapak Drs. Leo Junaidi dan Bapak Drs. B. Wilarno digantikan oleh Bapak Drs. Ign. Winarno. Tahun Pelajaran 2003/2004 masa kepemimpinan Bapak Ign. Sujendro, BA berakhir sebagai waka. sarana prasarana. Dengan pertimbangan tertentu pihak yayasan tidak megangkat penganti sehingga formasi kepemimpinan pada tahun pelajaran 2003/2004 sampai sekarang adalah sebagai berikut :